Gotowe kiełki zachowują świeżość przechowywane w lodówce przez ok. 7 dni. Umieszczamy je w plastikowym lub szklanym pojemniku z pokrywką. Nie używamy plastikowych torebek, które całkowicie odcinają dopływ powietrza.
Przed włożeniem do lodówki kiełki powinny być suche. Dodatkowo dno pojemnika można wyłożyć ligniną lub papierowym ręcznikiem, który absorbuje nadmiar wody. Papierowy ręcznik może również posłużyć nam jako pokrywka przez pierwszy dzień, do czasu aż woda odparuje.
Kiełki są wrażliwe na zamarzanie, dlatego pojemnik powinniśmy trzymać w dolnych partiach lodówki, gdzie panuje nieco wyższa temperatura.